JNXの運用･管理を行うJNXセンターは、2000年5月に発足した。ユーザーの要請に応え「ネットワークの品質維持･管理」と「ネットワークの有用性の拡大」を中立的な立場から行うために設立されたもので、JNXの運用とJNXOの機能を担当する。そして利用者の加入を促進し、ネットワークの拡大を図っていくとともに、JAMA･JAPIAのほか日本自動車研究所、ユーザー代表や学識経験者などからなる｢JNX運営委員会｣の事務局として中立･公平性の維持に努めている。
